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时间来到2000年，在这一年，对于人类来说，不仅是是来到了一个新的世纪，对于tLt（国际解放机构）来说，也是个沉重的一年。
首先是科罗拉多基地，负责研究异生兽抗体的西条博士与其丈夫因一场实验意外而先后去世，留下一个未满十六岁，即将步入高中生活的西条凪。
得知这个消息的她在苏的怀里失声痛哭，作为叔叔的他也只能轻轻安慰她。
难过的不仅仅是她，还有tLt全体，因为那场实验意外，让本就困难的异生兽抗体的研制工作受到重创，一度陷入停滞。
第二个沉重的消息则是来自达拉斯。为了更好的与来访者沟通，tLt进行普罗米修斯计划，利用优秀超能力的dNA进行组合，培育出比之更强的超能力者。这个计划已经执行了八年，八年时间，这些被命名为“普罗米修斯之子”的孩子们已经成长到了海本隼人当初的年纪，但遗憾的是，他们并没有展现出比肩或者超越海本隼人的超能力，甚至还有一位的基因存在缺陷。
但普罗米修斯计划并没有彻底失败，在几十名普罗米修斯之子中，有一位名为吉良泽优的少年感知到了异生兽的存在。并且预言了，在不远的未来，即2004年，一个蓝色发光体会降临在日本。
对于这个预言，相信派与反对派再一次爆发出剧烈的冲突，反对派认为不能因为一个预言就将大量精力花在这样一个小国家。一旦预言发生了偏差，谁也担不起这个责任。
而相信派则是搬出了来访者的预言，零号异生兽以及从世界各地检测到的，逐渐升高的异生兽因子与发现的疑似异生兽存在。一旦预言是真的，那么造成的灾害是谁也担不起的。
“你对那个预言怎么看？”
科罗拉多基地，苏看着收拾行囊的崇宫，桌子上还放着一封崭新的调令。
“假不了，散播到地球的异生兽因子的浓度正在增加，而且活性一天比一天高，不用想，绝对来自一头真正意义上的异生兽。但对于它到来的时间，我也说不准。”
将自己的衣服全部扔进行李箱后，崇宫看着在一旁无所事事的苏。
“我说，你不收拾一下吗？”
苏指了指背上的那个书包。“就这么多，而且以我们两个这深居简出，耐寒耐热的身躯，有必要带那么多东西吗？”
苏有些不理解的看着崇宫收拾出来的那个大箱子。
“难得出个国，不得好好转转看看，还是说，你真的打算去开发异生兽抗体？”
将行李箱往悍马上一丢，崇宫转头看着苏。
“…”
“行吧，我知道了。”
虽然对方什么也没说，但崇宫还是从对方的眼神中看出来了，他心中依旧对人类怀着一丝丝的慈悲，跟自己一样。
“心怀慈悲，在这个世界会死的很快哦。”
“你不也是吗？”
“我不一样，我够强…嘶！”
崇宫话音刚落，就感受到肩膀遭到了重击，全身上下的骨头同时响了一下。
“强？”
苏甩了甩手，“你现在肉身连我的一拳都扛不住，强吗？”
“…尼玛”
崇宫小声哔哔一句，然后坐上了副驾，苏轻哼一声，翻身来到驾驶位，一脚油门轰了出去。直奔机场。
…
经过一段无聊的飞行，崇宫和苏踏上了日本的土地，只不过是在老美的军事基地里。
一名大兵核实了两人的身份信息与调令之后，立刻立正站好。
“两位博士，这边请。”
在经过一道道信息审核与层层安检后，两人来到了这个基地的核心。
“一个伪装成军事基地的科研机构…怎么感觉又回到了科罗拉多基地？”
看着里面那颇为熟悉的构造，崇宫有些唏嘘。
“不是感觉，是这里就是按照科罗拉多基地一比一复制过来的。”
一道靓丽的女声从身后传来，两人转头，一个与声音完全相符的年轻女子朝两人走了过来。
“我是水原沙罗，bcSt（对生物恐怖袭击机关）的监察官，也是…”
“防卫厅下辖，防卫研究所技术研究总部所属的专职化学担当官，听说，还有一位男友，叫做有动贵文，幸会。”
崇宫握住了对方伸来的手。
面对对方如数家珍的将自己的情报说出来 水原沙罗反倒是没有一点意外与被调查的生气。
“您这种本事，当一个生物博士可惜了。”
“是吗，很多人都这么说。”
“苏博士，幸会。”
三人简单交流一下后，崇宫突然皱了下眉。
“怎么了博士？”
沙罗看着崇宫那突然的皱眉，有些好奇。
“怎么会这么快？”
“什么？”
沙罗没听清，但很快基地的报警声就回荡起来，而这个报警声，三人都不陌生。是异生兽因子突破安全界限的警报。
同时，崇宫也感知到了，那突兀到极致的异生兽振动波。
“来了，thE oNE。”
天空中，一颗不明的蓝色光球突破大气层，径直轰入海中，大肆吞噬着海中的生物，完成了从无到有的第“零”阶段进化。
而接到海中有坠落物的报告后，海上保安厅也派出了潜艇进行调查，但到达出事地点并下潜到预定高度的潜艇却意外失联，打捞出的残骸表面这艘潜艇似乎是被上面东西撕裂了一样，但更让人难以置信的是，这艘潜艇，居然有生还者存在。也就是该艇的驾驶员，水原沙罗的男友，防卫官有动贵文，对方不仅生还，而且还毫发无损。
这些消息一直在实时传递给bcSt，得知男友还活着的时候，沙罗刚松了一口气，但随后传来的消息却让她大惊失色。在那片海中，检测到了相当量级的异生兽因子，换言之，在这种当量的异生兽因子辐射下，没有任何一种生物能存活下来，但有动贵文却活了下来，还毫发无损。这只能预示着一种情况…
“那个有动贵文，已经不再是有动贵文了。”